按照审计署计划安排，审计署驻郑州特派办于2010年5月5日至2010年7月31日，对西气东输二线工程东段13标段至21标段截至2010年4月底的建设管理、财务收支、征地拆迁、环境保护等情况进行了审计，并延伸审计了与该工程建设相关的勘察、设计、施工、监理、设备材料供应、检测、质量监督等单位。
中石油集团公司等相关单位高度重视审计工作，坚持边审边改。审计结束后，中石油集团公司及所属单位针对审计报告反映问题，相继出台了《中国石油天然气集团公司招标管理办法（试行）》、《审计监察成果运用暂行办法》、《国内工程项目分包市场准入和办理系统外市场准入实施办法》、《管道建设项目缴纳水土保持补偿费管理办法》等文件。EPC项目部结合审计报告提出的隧道存在的问题，多次组织专题会，举一反三，查找管理上的缺陷，完善编制了《长输管道隧道施工管理手册》，相应改进措施117项。
上述一系列文件的出台及相关制度的完善，进一步规范了西气东输二线工程各项管理工作。
