2003年以来，叠合盆地研究进入繁盛期。首先是多期国家973项目的带动。例如，1999年－2004年间，金之钧、王清晨负责的《中国典型叠合盆地油气形成富集与分布预测》；2001－2005年，赵文智负责的《高效天然气藏形成分布与凝析、低效气藏经济开发》；庞雄奇2006－2011年负责的《中国西部典型叠合盆地油气成藏机制与分布规律》，2011－2015年负责的《中国西部叠合盆地深部油气复合成藏机制与富集规律》；2012－2016年，刘文汇负责的《中国早古生代碳酸盐岩层系大型油气田形成规律与分布》。
其次，国家自然科学基金、国家油气专项针对叠合盆地海相、前陆、岩性－地层与盆地深层等开展了重点探索与攻关式研究。近25年来，中国石油、中国石化、中国海油等公司针对叠合盆地实施了一系列重点攻关项目，例如中国石油科技部重点项目《跨重大构造期叠合盆地形成演化与勘探领域》等，系统、整体、动态、综合地研究叠合盆地，取得了一批系统性成果。
