日本最大的石油公司——新日本石油公司6月1日，正式开始在以首都圈为中心的地区大规模销售生物燃油。这也是日本生物燃油首次真正走向普及。对于几乎百分之百依赖进口能源的石油消费大国日本来说，这一举动意义重大。
据悉，在包括东京都、神奈川县、山梨县、长野县等1都6县的总共约2000多家加油站中，有861家加油站开始加入销售生物燃油的行列，约占该地区加油站总数的40％。
目前销售的生物燃油是在标准汽油中按1％以上的比例混合了以玉米(1644,-21.00,-1.26%)等为原料生产的生物乙醇，由于日本经济产业省和石油联盟承担了生物燃油与普通汽油之间的差价部分，生物燃油的市场销售价格与普通汽油相同，可以和普通汽油一样直接加进汽车油箱。
此前，2008财年(截至2009年3月)，日本各石油批发商总共在100家加油站进行了试验性销售。按照日本政府的计划，2030年前日本年度生物燃油的消费量占汽油消费总量的比例将达到10％，即60亿升。近期目标是，2010年把提供生物燃油的加油站推广到全国各地。
在日本还在试销期间，就有分析认为，日本要实现上述目标还面临诸多问题。
问题之一：日本生物乙醇生产能力有限。
目前日本国内还不具备大批量生产生物乙醇的能力，目前生物燃油的售价和普通汽油一样，差价由政府财政补贴，试点加油站的设备改造费用也由政府承担，仅此两项费用合计近30亿日元。如果日本短期内不能实现生物乙醇自给的话，不仅将影响生物燃油普及，对政府财政也是个考验。
问题之二：生物乙醇的生产技术有待改进。
目前世界上普遍用玉米生产生物乙醇，但是产出效率比较低。即使技术最先进的工厂用100千克玉米也只能生产出约45升乙醇，而且在生产乙醇和栽培玉米等原料作物过程中消耗的能量相当于所产乙醇产生能量的80％，同时也会排放二氧化碳。因此，日本正在开发以废木材为原料生产生物乙醇的实用技术，但前景如何目前还不能断言。
问题之三：生物乙醇原料作物来源问题。
日本如要批量生产生物乙醇，则无论用小麦(2099,-2.00,-0.10%)、大米、玉米、甘蔗、废木材等哪一种为原料，原料不足都将成为问题。美国是玉米生产大国，以玉米为原料年产生物乙醇150亿升。巴西是甘蔗生产大国，以甘蔗为原料年产生物乙醇167亿升。两个国家生产的生物乙醇都仅够本国使用。而日本的粮食自给率仅为40％，小麦、玉米、甘蔗产量都很低，大米主要用于食用，废木材相对丰富，但仅靠废木材生产生物乙醇恐怕也难以为继，要达到日本政府设定的生物燃油普及率，只能依靠进口玉米、甘蔗等原材料。
日本国内相关专家指出，过度使用生物燃料必将打破世界玉米、甘蔗市场的供求平衡，给人类的生产、生活和生存环境带来负面影响。玉米需求增加，必将刺激美国为提高玉米产量而进一步扩大转基因玉米的种植面积，从而使日本食品和饮料生产厂商所追求的非转基因原料难以得到保障，进而影响日本国民的生活。甘蔗需求增加同样会刺激南美和东南亚等地区开垦热带雨林以增加甘蔗的种植面积，从而使热带雨林遭受侵害，对全球环境产生无法弥补的影响。
