围绕包含在石油价格内的输油管道运费问题，中俄两国意见对立。俄方主张自俄罗斯至中国边境的运费与至日本海海岸的运费完全相同。日本海海岸位于东西伯利亚太平洋石油管道的终点。中方认为，由于自俄罗斯至中国的运输距离较短，运费应设定得相对低一些。中国相应减少了付款金额，每月实付金额与俄方设定金额相差4000万美元左右。
两国政府原定于5月底磋商解决问题，但中方临到磋商之前突然告知对方延期举行。据俄罗斯媒体 25日报道，俄罗斯石油公司、石油管道运输公司将于2至3周后将中国石油天然气集团公司告上伦敦法庭。中俄两国外交关系已开始受到影响，中国外交部发言人26日呼吁相关企业本着平等协商的精神，通过积极协商妥善解决问题。
如果输华石油价格问题长期得不到解决，那么今后两国的能源合作必然受到影响。两国计划到2011年夏天就新的天然气管道项目及天然气价格达成最终协议，不过俄罗斯副总理伊戈尔·谢钦表现出将输华石油和天然气价格联动考虑的态度。中国提出石油进口量倍增方案并要求俄方重新设定价格。
如果中俄两国的能源合作进展缓慢，俄罗斯可能将倾向于更加重视日本。俄罗斯能源部长谢尔盖·什马特科23日表示，希望与日本全面加强包括技术层面的能源合作。受东日本大地震影响，日本能源供应紧张。为此，什马特科提议与日本推进资源联合开发。
